en la consulta sql debes de tener un campo de tipo bit para poder asociarla al template checkbox en su propiedad Checked
Checked='<%# Bind("campo")%>' -> VB
Checked='<%# Eval("campo")%>' -> C#
y para recorrer el GridView es de la siguiente manera
For Each row as GridViewRow in GridView.Rows
Next
foreach(GridViewRow row in GridView.Rows)
{
}
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