A ver si entendí bien.
Lo querés hacer es apuntar
www.dominio1.com www.dominio2.com y
www.domino3.com al mismo hosting y que cada uno dirija a una carpeta diferente del servidor? Y que cada uno sea un sitio diferente sin contenido duplicado?
Yo no veo el problema. Van a ser dominios diferentes, contenidos diferentes... sitios diferentes. Lo único que comparten es el servidor. Google ni siquiera tendría que notar que tienen algo en común.
De otra forma todos los usuarios que no usamos servidores dedicados estaríamos en problemas.