ACCESS - problema usado variables dentro de una consulta

[greñas]

Tendrás que hacer de nuevo el calculo en los valores que quieres mostrar:

SELECT R.rut, puntaje as puntajeDiagnostico,
(select puntaje from tblregistro where rut = R.rut and modulo = 'dfa9') as puntajeFinal,
((select puntaje from tblregistro where rut = R.rut and modulo = 'dfa9') - puntaje) as diferencia
FROM tblregistro AS R
WHERE (modulo like 'd0*')
and ((select puntaje from tblregistro where rut = R.rut and modulo = 'dfa9') - puntaje) >= 20
ORDER BY 4;