Lo que yo hize en alguna ocasion fue lo siguiente
Código PHP:
$nombre = $_FILES['archivo']['name'];
$tipo = explode("."$nombre);
if($tipo[1] == "WAGAMe")
{
.
.
.
}
else
{
echo "Error, esta extensión no es permitida":
}
}
No es uina solución elegante pero me ha sacado del apuro en varias ocasiones.
Saludillos.