Los diagramas te permiten ver y establecer relaciones.
Pero para el funcionamiento de la base de datos es lo mismo tenerlo todo en 1 diagrama como tenerlo en 40 diagramas.
Puedes crear los diagramas que sean necesarios para que te sea cómodo y claro ver o ajustar la estructura de la base de datos.Toda la información de esa estructura va siempre al mismo sitio.
Personalmente prefiero crear diagramas según areas, porejemplo compras, ventas, finanzas,producción...
un saludo,
Jose Sanchez Carvajal
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