Cuando tu usas file_get_contents() entre dominos o en general cualquier función de PHP que pueda llamar a un archivo externo por algún "wrapper" tipo: http:// o equivalente .. lo que obtienes en este caso (sobre todo en el de
http://) es el "código HTML resultante" de la ejecución de ese script/página o lo que sea. NO el código "fuente" (ese script .php .. etc).
No sé realmente que es lo que quieres tomar del otro "archivo" del otro domino ni de que tipo es .. pero deberías concretar ese punto. Hay cosas que por su naturaleza no se pueden hacer así .. Tal vez si tienes acceso FTP al otro "domino" ahí sí.
Un saludo,