Hola
rasencio!
Una solución viable es la de armar dinámicamente tus arrays en javascript con los datos obtenidos de tu base de datos desde PHP, ya generados tus arrays harías toda la lógica en js.
O una opción más elegante sería utilizar AJAX, obtendrías tus datos asincrónicamente del servidor en formato XML si lo deseas, la verdad es una forma más sencilla de manipulación de información, ve a los foros de AJAX, hay varios ejemplos que te darán una idea más clara.
Saludos y suerte! 