Hola! a mi parecer deberías usar rutas ABSOLUTAS... defini en un archivo:
$root="
http://www.tusitio.com/";
$envios=$root."Envios/";
entonces cuando haces un include pones:
<? include($envios."index.php"); //
http://www.tusitio.com/Envios/index.php ?>
<? include($envios."stock.php"); ?>
Segun el caso cambias la variable a usar, solo ojo con las barras.
Busca alguna funcion para que $root tenga el valor del Path o la URL del root de tu Servidor. (www o html, por ej.)
Saludos!