Veamos, los pasos son los siguientes:
View -> Proyect Settings
Ajustas a 720x480 (o 486 por default)
Importas tu clip, le dices que ajuste el stage al tamaño del clip. Y lo más importante, si no cabe el area de trabajo en tu pantalla, vas a tener que usar el zoom, y esa misma cantidad de zoom usarla al momento de exportar, en mi caso, no necesito usar el zoom y trabajo con 720x480 sin acercamiento o alejamiento, entonces exporto al 100%
Aquí viene lo que te digo al exportar, Yo uso el 100% porque no tengo que alejarme para trabajar... Si tu sí necesitas ajustar el zoom para trabajar, debes configurarlo al mismo nivel para exportar.