Perdona, me olvidaba de la segunda parte, que sencillamente sería (en el mismo javascript) después de un ";"... window.close().
Tambien podrías hacer un script, aparte:
function fin() {
if (ventana) // ventana es el nombre del pop-up
ventana.close();
}
y poner esta función en la etiqueta "body":
<body onunload="fin()">
Saludos
