Hola a todos! para los que andemos buscando como locos la solución a esta inquietud(Calendar PopUp + MasterPages), la solución es la siguiente:
<img src="imagenes/calendar.gif" alt="Calendario" width="16" height="16" id="imgCalendario" onclick="window.open('Calendario.aspx?input=ctl00_ nombreContentPlaceHolder_nombreTextbox','Calendari o','resizable=yes,toolbar=no,menubar=no,location=n o,status=no,width=200,height=200');">
o lo que es lo mismo pero usando el codigo posteado:
<a href="#" onclick="openCalendar('ctl00_nombreContentPlaceHol der_txtDate1');">
deben colocar el nombre del contentplaceholder antes del textbox al que hacen referencia y listo..
Saludos..