Usa la función mysql_error() (de hecho lo usas pero no muestras su resultado y tampoco lo usas en todas las condiciones) así veras los mensajes de error concretos y de SQL o conexión que puedas tener. Con ese error más "claro" ahí se verá mucho más claro qeu problema real tienes.
Cita: $idresultado = mysql_query("select if(count(idfolio)=0,1,max(idfolio)+1) from folio_cfd",$idConex) or die (mysql_error());
Un saludo,