Sería así:
...
<script>
function confirmar(url)
{
if(confirm(‘Esta Seguro de Eliminar ?’)){
window.location=url;
}
}
</script>
...
<td width=20% bgcolor=#CCFFCC align=center>
<a href="javascript
:confirmar('borrar_apli.php?id=<?= $resultados[ID]?>')">Borrar</a>
</td>
....
************
include("config_apli.php");
$ide=$_REQUEST['id'];
$sql="delete from aplicaciones where ID='$ide'";
mysql_query($sql,$db) or die(mysql_error("No se pudo conectar a la base"));
...