En principio dá igual .. pero todo queda más ordenado si intentas "separar" el código PHP (capa negocios) de la "presentación" (HTML).
Es decir, aunque quede en un mismo script todo .. sería algo tipo:
Código PHP:
<?
// funcoines de conexión a BBDD
$sql="SELECT ....";
result=mysql_query($sql);
// etc logica PHP que no involucre salida ...
?>
<html>
<head>
</head>
<body>
<?
while($row=mysql_fetch_array($result)){
?>
Nombres: <? echo $row['nombre'] ?><br>
<?
}
?>
</body>
</html>
Un saludo,