Si tu contenido es dinámico (que será :) ), o sea no solo texto plano, y va en el loop de WP necesitarás o:
el plugin Exec-PHP en su versión 3.0 la cual permite ejecutar código php en tus entradas.
o crearte una "plantilla" propia que ejecute tú código, el archivo que dices que tienes.
No necesitas que sea una plantilla, es decir, listarla como tal para WP y usarla para páginas:
Código PHP:
/*
Template Name: Plantilla Descargas
*/
pero puedes usarla, si la diseñas para tal fin, para listar o gestionar tus descargas.
O puedes simplemente dejarla como una página individual de WP.
El hecho es que te debería funcionar dentro o fuera de loop ya que este:
Código PHP:
while (have_posts())
precisamente solo imprime el contenido, es decir... poco importa.
Sorry por no explicarme mejor y más detalladamente ahora, esto ha sido rápido luego te intento ayudar más ;)
PD: Por cierto, este post debería ir a los CMS's no?