Hola:
Con
Proccess p = Runtime.getRuntime().exec("path/ejecutable");
puedes arrancar una aplicación. El Process p que te devuelve tiene métodos getInputStream(), getErrorStream() y getOutputStream() por los que obtendrás la salida del programa estandard y de error, así como posiblidad de enviarle cosas como si fueran desde el teclado.
En
ejemplo de runtime.exec() tienes los detalles.
Se bueno.