Hola,
Yo considero que el poner "la marca" en una Web, no debería de ser discutible, por el mismo motivo que en un libro hay el autor, la editorial y hasta la colección por si quieres comprar otros.
El tema es de interpretación, porque donde consideráis que hay publicidad, yo no la veo como tal, sino que como la autoría de la Web.
Por desgracia y por encima de esto, si el cliente quiere que no esté "la marca" y no aceptas, habrá otro diseñador que si lo aceptará
Saludos