pues en tus archivos Cubo.java, Paralelepipedo.java, y todos lo s que necesites, tienes que declarar metodos publicos que te regresen el area, perimetro, etc... luego en tu programa principal lo unico que tienes que ahcer es instanciar a esos objetos, ejecutar el metodo apropiado con los parametros necesarios, entonces el metodo se ejecuta y te regresa los resultados.
have funnnnnn