Hola garzy, bienvenido a los foros
![Adios](http://static.forosdelweb.com/fdwtheme/images/smilies/adios.gif)
:
Posiblemente estés usando el mismo script y el mismo nombre de ventana...
Para asegurarte de que las ventanas sean nuevas tienes que usar un nombre nuevo (suelen usar un valor al azar... tal vez creado con un objeto Date()... como segundo parámetro del open)... o para tener mayor seguridad puedes usar el nombre "_blank"
Saludos