Esto me parece que te lo puede resolver, la función String(n,caracter) repite el "caracter" una cantidad "n" de veces. En tu caso, una cantidad "digitos - longitud Var1" de veces.
Código:
Dim Var1 As String
Dim var2 As String
Dim digitos As String
Var1 = Cells(1, 1).Value
var2 = Cells(1, 2).Value
digitos = 5
Cells(1, 3).Value = String(digitos - Len(Var1), "0") & Var1 & "-" & String(digitos - Len(var2), "0") & var2
Espero te funcione.
Suerte