Probablemente se trate del
Thermal Throttling. En caso de que el ventilador arranque demasiado tarde (cuando el micro ya está muy caliente) y se active durante unos momentos la protección que menciono.
En ese caso tienes que ver que el ventilador del micro esté limpio. Si todo aparece en orden prueba cambiar de ventilador (de preferencia por uno prestado) mientras determinas si eso es verdaderamente el problema.