Tienes razon sólo corrige el if de esta forma:
Código PHP:
if ( $contador == 2 )
{
$color = 'otraclase'; // aqui colocas el otro color
$contador = 1;
}
else
{
$color = 'textochico';
}
Y si aún así no te funciona coloca la variable $contador fuera del while. Suerte
