Hola:
Puedes enviar un formulario hacia un popup (hijo)... puedes ver como se hace en las FAQs, y la búsqueda en la base de datos la realizas con ese parámetro:
<form action="hijo.php" method="get" target="nene" onsubmit="window.open('', 'nene', '')" >
<input type="text" name="empleado" />
<button type="submit" >Enviar</button>
</form>
y en hijo:
<?
...
$sql = "select * from tabla qhere empleado = '".$_GET["empleado"]."'";
...
?>
... si luego quieres pasarlo al padre debes considerar que es el objeto opener...
<body onload="opener.document.forms.elForm.empleado.valu e = '$row[nombre]'" >
Espero que te sirva.
Saludos