No, "Add-on domains" es para alojar varios dominios en un único plan de hosting, cada uno en una carpeta como bien dices, lo que ocurre es que por cada uno que añadas cPanel también crea un subdominio internamente, cosas suyas...
A ti lo que te interesa es que sí se comportarán como dominios independientes, aunque todos ellos compartirán el mismo panel de control y los recursos de tu plan.
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