¿Como hacer la Estructura de base de datos?

[aspmasterman]

Hola, tengo una duda teorica que me come la cabeza, quizas para algunos sea una tonteria, pero es que en el futuro quizas se me convierte en un problema, es la siguiente:

En mi web,hay una enciclopedia tipo wiki, un catalogo enciclopedico de plantas, y lo mismo para musica y documentos y archivos de texto, no archivos binarios. y claro, no se si hacer una base de datos para cada sector, es decir, una para la enciclopedia, otra para tal, o hacer una gran base de datos, que es mejor o mas optimo, por que tecnicamente seria lo mismo, solo que me da mas buen rollo si esta partido en archivos que en un solo archivo, bueno espero respuestas, muchas gracias.
y otra cosa, me gustaria saber como subir archivos o programas a una base de datos y al igual que cuando se sube datos hay que filtrar el tema de los tipos de caracteres, cantidad de caracteres y demas, me gustaria saber que filtros se tiene que poner para el tema archivos, pregunto esto por que e estado buscando por el foro pero no encuentro nada de subir archivos, asi que me conformaria con un link o algo si os da palo escribir
Felicitaciones a los dueños del foro, es una gran foro este.