yo te recomendaria que comentaras de tus repositorios los src, ya que son de fuentes, y a no ser que seas desarrollador te seria inutiles, trata buscando por los bugs conocidos, puede que se haya librerado algo en
http://www.us.debian.org/releases/stable/ yo te recomenadria que trabajes directamente con apt-get upgrade, o apt-get dist-upgrade, ya que ahi tienes mas control del debug de apt, y asi podrias saber con mas detalle lo que esta sucediendo en la maquina, tambien puedes ver cuales son los paquetes a instalar y los a eliminar, en base a eso busca bugs en los paquetes a instalar, a mi me sucedio una vez algo similar y lo solucione de la menera que te acabo de contar...
salu2