Una forma simple es que en tu bucle que envia tus e-mails (que lee resultados de una consulta a una BBDD, etc...) metas un "sleep()" (
www.php.net/sleep) lo cual retarda la ejecución del script por el tiempo (segundos) que indiques y aumentar el tiempo de ejecución del script que efectua este proceso con set_time_limit() (
www.php.net/set_time_limit)
Un saludo,