Crea un archivo en lotes (.bat) y lo pegas en la carpeta de Inicio
El archivo debe decir algo asi:
Código PHP:
RD c:Mi_RutaMi_Carpeta /S/Q
RD o RMDIR es el comando para borrar directorios (carpetas)
Los comodines /S para borrar el conenido y /Q para no pedir confirmacion.
Un archivo en lotes es una archivo que contiene instrucciones para ser ejecutadas, es como un .exe pero editable, para ejecutarlo basta dar doble click en el, pero como tu quieres que se ejecute cuando inicias, pues debes ponerlo en la carpeta de Inicio, tal como te indica
Brujonic o en algun archivo de carga de Windows...