Seguro que estás subiendo archivos a tu servidor por FTP? .. o lo estás haciendo por HTTP?
Tu usas un formulario HTML con un campo "file" y ahí adjunta tu usuario el archivo a "subir"?
O el archivo lo mueves desde tu servidor a otro por protocolo FTP?
Debes concretar eso primero.
Si estás haciendo el proceso con PHP (el de "upload"/"Subida") .. PHP no tiene ningún control sobre el archivo que sube hasta que lo recibe por completo, así que implementar barras de proceso en un "upload" de archivos y sus soluciones sólo con PHP no dán una información exacta del proceso en curso.
Para solventar este problema de PHP .. se recurre mucho a "Perl" y de ahí continuas con DHTML, Ajax o cualquier otra técnica más del "lado del cliente" para ir mostrando ese progreso como sea.
Un ejemplo:
http://www.obolog.com/upload.php
Documentación/comentarios y código:
http://obokaman.obolog.com/mensaje/1511
Y hay muchos más si buscas en google por:
perl upload php ajax
El proceso de "descarga" del archivo lo controla tu navegador bajo el protocolo HTTP .. Que yo sepa no puedes "sustitur" esa ventana de "descargas" que tu navegador te ofrece. A los sumo proporcionar todos los datos del archivo como por ejemplo el tamaño del archivo a descargar para que se pueda hacer el cálculo correctamente.
Un saludo,