Pregunta, porque do while y no while?
Si ese script te causa problemas, porque no sólo tomas la idea y lo implementas a tu modo dependendiendo de lo que requieres. Porque no inicias por hacerlo de la siguiente forma:
1.- Haz que tu script primero dibuje en tablas lo que tu requieres, esto no debe ser complicado para ti. Nada más verifica que se despliegue correctamente.
2.- Reeemplaza todos los echo que coloques por una variable acumulativa que almacene el string de toda la definición de la tabla.
3.- Crea el archivo y escribe dentro de él, la variable acumulativa.
Toma en cuenta nada más que Excel sólo reconoce la estructrura de las tablas, más no le pidas que te reconozca tags como <p> y <br> porque quiza no siempre lo haga como lo requieras. Todo mételo en tablas.
Imagina que todas las tablas están contenidas en llamémosle así una "megatabla" de 1 columna por nfilas que sean necesarias, donde en cada <td> (celda) meterías cada tabla que requieras que se imprima.
Espero haya podido explicarb bien mi punto.
Saludos y suerte