Cita: Tengo una serie de especificaciones con If para IE.
<!--[if ie]>
<style type=text/css>
...
La pregunta es si deben ir en el archivo html o se pueden colocar en un css.
Ambos métodos son válidos. Pero la lógica indica que si los pongo directamente en el HTML tendrás que repetirlos una y otra vez en cada documento. Y si necesitas modificar algo, modificarlo en cada documento HTML. Utiliza un archivo CSS externo y te ahorras todas esas incomodidades.
<!--[if IE]>
<style type="text/css" rel="stylesheet" src=""css_ie.css" />
<![endif]-->