Bueno, en mi experiencia particular me he encontrado varias veces con varios errores al trabajar con innerHTML y formularios.
Por ejemplo, puedes encontrarte que cargar partes del formulario enteras mediante ajax la cosa no vaya bien(por ejempo al seleccionar un checkbox cargar varios inputs y textareas para que se complete más info). Los campos nuevos dependiendo del navegador y el formulario en si mismo puenden no enviarse como form y tener que añadirlos luego llamando a cada id nueva.
Así hay muchos ejemplos...
En el caso de los combos creo que el problema se daba al insertar dentro de un select por innerHTML los options a lo bestia...
es decir.
yo tengo:
<select id="miselect"><option value="">Seleccione</option></select>
y quiero cargarle dentro los options.
Probando con cargar con ajax y luego:
document.getElementById("miselect").innerHTML=XHTo bj.responseText;
En ocasiones (no siempre, el problema es que no se porque a veces si y a veces no) incluye el texto dentro de la etiqueta si... pero no detecta los options como tales y no puedes seleccionarlos.
Aki por ejemplo:
http://www.parabebes.com
tube que crear el option que dijese "cargando" dentro del combo por DOM con createElement("option") porque si no en firefox no salia "cargando"...
Mientras no te pase quedate trankilo... ahora cuando veas problemas la mayor parte de las veces se solucionarán creadno los elementos por DOM y pasando del innerHTML.