En el HEAD del documento tienes un Javascript en el cual se ha definido una variable. En el cuerpo del documento tienes un link al cual quieres agregarle el valor de la variable:
Código HTML:
<head>
<script type="text/javascript">
miVariable = "hola";
</script>
</head>
<body>
<a href="destino.html?
<script type='text/javascript'>document.write(miVariable);</script>">
Esto es un link</a>
</body>