Lo mejor es que lo plantees y nos digas cual es la parte en la que tengas problemas, por que si no es una duda muy general, y darte la solución completa no tiene mucho sentido
.
Lo mejor es abordar el problema por partes, aprender a usar StringTokenizer, aprender a leer ficheros, a convertir cadenas a numeros.
Como en cualquier programa, lo mejor es plantearselo en plan pseudocodigo, la parte "logística", y luego pasar a ver como implementarlo en Java.
Un paso tras otro.
Suerte.