Para ejecutar un script php, cuando estas del lado del cliente necesitas de un evento, el cual actua de disparador del request http.
El disparador mas comun es el enlace <a href=""> pero bien podrias usar <iframes>, que tambien realizar una peticion http, o lo que es mucho mejor, el objeto xmlHttpRequest (AJAX), que realiza una peticion http tambien. Todas pueden ejecutar script php del lado del server.
Si estas del lado del server, podes ejecutar un script php a traves del apache, o bien a traves del php-cli, mas conocido como interprete de linea de comandos de php
Saludos!