1) Añade a tu LINK la ruta "fija" donde cuelga tu archivo (por que con las funciones que usas sólo obtiene el "nombre del archivo"). La ruta tu ya la conces:
Código PHP:
echo "<li><a href=\"../pru1/" . $archivo . "\">$archivo</a></li>";
2) .. Pues aplica un if() a $archivo .. si tienes "." o ".." .. no le haces el "link"
Un saludo,