No respeta stop();

[kappra]

así, a bote pronto, se me ocurre que el problema puede estar en los .swf que cargas, porque por lo que expones, el código de la principal parece correcto.
Por cierto, cuando yo he tenido que usar alguna transición para cargar distintos swf, suelo colocar esa transición en los propios swf externos. Prueba a hacerlo así, y de esa forma no tendrás que mover la linea de tiempo del principal.