Yo creo que tanto diseñadores como clientes hemos aprendido a cuidar más la construcción de los sitios. La competencia es cada vez más intensa entre empresas en la web, y el SEO es vital. Un aspecto que puede afectar es el hecho de que los buscadores aún no pueden indexar contenido de un swf de manera óptima y estandarizada.
También está el tiempo de descarga que mecionas tú.
Pero por otro lado, me parece que más que ser menos popular, lo que pasa es que ha habido una sana ubicación en términos de discernir en qué casos usar Flash y en cuáles no.
Nadie haría el sitio de un banco enteramente en Flash, pero sí quizás el de un dibujante de comics, o el de una agencia de multimedia.
Como sea, me parece que todavía queda mucho por ver...esto sigue aún naciendo frente a nuestros ojos...