Por favor, pega los valores de las siguientes directivas de apache:
Timeout, KeepAlive, MaxKeepAliveRequests y KeepAliveTimeout .
Y pega el contenido del archivo /etc/my.cnf .
A su vez, te sugiero instalar alguna utilidad como
eaccelerator, suele ser bueno para despachar más rápidamente las páginas.
Un saludo!