2) PHP impone restricciones al tamaño del archivo que subes, al tiempo de ejecución de tu script (más tamaño y comunicación lenta entre servidor-cliente = más tiempo en ejecución de tu script), y a otros factores.
En esta FAQ se detallan algunos.
http://www.forosdelweb.com/showpost....&postcount=146
En tu phpinfo() que hagas a tu servidor podrás ver como están esos valores y así saber tus restricciones.
PHP en general cuando tiene un problema de restricciones hace el efecto que comentas, se demora mucho en dar respuesta y/o entrega una página como "no encontrada" (error 404), pero el problema principal suele ser de esas restricciones.
Un saludo,