Podías instalarte los dos kernel y los utilizas dependiendo de cuando necesites cada uno de ellos, no le veo ningún misterio a este tema, así que simplemente instala la versión del kernel que vayas a utilizar y dependiendo de tus necesidades inicias el uno o el otro.
Respecto a xcircuit creo que hay programas similares que simulan circuitos así que no tendrás ningún problema a la hora de instalar otro que no sea este xcircuit, o si realmente quieres instalar xcircuit, instálalo de código fuente. Al menos en los repositorios de arch he encontrado los siguientes, así que supongo que en debian habrá muchísimos otros programas para simular los circuitos.
Cita: extra/klogic 1.63-1
KLogic is an application for building and simulating digital circuits easily.
community/oregano 0.40.5-1
Schematic capture and circuit simulator
community/xcircuit 3.4.21-1
A program for drawing publishable-quality electrical circuit schematic diagrams and related figures.
Saludos