Segun la RFC de SMTP no hay limitación de BCC si están con un \r\n por cada uno que pongas. es decir:
$header.="Bcc:
[email protected], \r\n";
De esta manera puedes poner los BCC que quieras sin limitación alguna, y así puedes enviar muchisimos mails, pero desde php solo envias uno, el resto de e-mails está gestionado por el servidor SMTP.
Lo que ocurre es que no puedes comprobar si has enviado los e-mails, por lo que he tomado la decisión de crear un fichero perl que envie los mails de 1 en 1.
Con la función exec() ejecuto el script perl enviandole como parámetro el cuerpo del mensaje y este script es el que se conecta a la BD y hace un listado de los usuarios y a posteriori envia de 1 en 1 los e-mails.
Si es necesário ya os publicaré el source del script.
Un saludo.