Mi petición es que si alguien me puede decir como ejecutar el sudo y pasar la contraseña, o si existe alguna otra manera de hacer una conexion remota y pasar los comandos para mover el fichero con los privilegios de otro usuario
Consulta en foros de Linux mejor.
"Sudo" en general se configura para que no requiera contraseña. Aquí tienes un mensaje donde se trató el tema:
http://www.forosdelweb.com/f18/cambiar-usuario-tiempo-ejecucion-278760/
Pero te recomiendo que consultes en los foros de Linux para que te enseñen a configurar SUDO .. una vez que lo tengas listo para que no pida contraseña lo podras usar sin problemas bajo PHP.
Un saludo,