La verdad yo trabaje con mysql 4.0.28 y power designer 9 ahora estoy con power designer 10 y mysql 5 sin ninguna problema.
pero como consejo no siempre te genera el script 100 % correcto, algunas veces es necesario algunos retoques en el script, pero es mucho mejor que tener que escribir todo el script, en todo caso por que no intentas con el
DBDesigner, es muy bueno y me genera tambien el esqueleto de la base de datos, y lo mejor de todo es software libre
cya