Hola.
al abrir la ventana desde la otra, es decir tu tienes tu pagina principal y al darle al boton se abre la ventana emergente.Si?
Pues html, sabe que la ventana principal, es el parent de la que acabas de abrir.
con esa opcion, tu pueder refrescar la pantalla, pero esta no es la solucion puesto que no estamos haciendo el submit.
Lo mas facil seria que al hacer click, o onblur del numero que ha puesto se haga el submit.
O mas facil todavia.
con javascript, le dices, en tu ventana emergente
Cita: var x = window.parent (o algo asi)
var tmp = x.document.getElementById('el id de tu input')
y ala , en tmp tenemos tu valor, luego al cerrar la asignas a una variable de php y solucionado, asi no te hara falta hacer el submit
Un saludo