como una segunda opcion (porque la primera es la que ya te comentaron antes , utilizando el objeto Date) se podría solucionar con un poquito de maña:
Cita: <html>
<head>
<script>
function ver(){
fecha1="2006-04-27";
fecha2="2006-03-28";
if(parseInt(fecha1.split("-").join(""))>parseInt(fecha2.split("-").join(""))){
alert("la fecha 1 es mayor que la 2\nfecha1:"+fecha1+"\nfecha2:"+fecha2);
}else{
alert("la fecha 2 es mayor que la 1\nfecha1:"+fecha1+"\nfecha2:"+fecha2);
}
}
</script></head>
<body>
<span onClick="ver()">ver</span>
</body>
</html>
es solo para graficar que siempre hay varias opciones para llegar a un resultado similar, aunque reitero que mas eficiente es utilizando el objeto Date.
saludos