Ceros hacía la izquierda?...
Veamos...
if(strlen($numero) < 6)
{
$numero = str_pad($numero, strlen($numero)-6, STR_PAD_LEFT);
echo $numero;
}
En caso de no funcionar... ve la función str_pad
http://cl2.php.net/manual/en/function.str-pad.php
Nos vemos =)