Bueno en asp.net puedes hacerlo dejando el codigo que te interese proteger en dl, lo cual es normal ya que usualmente todos tenemos nuestras rutinillas reutilizables.
En PHP, puedes usar Zend Encoder, de los mismos creadores de PHP que lo que hace es compilar y codificar los php y html para que no sea posible leerlos.
Siempre es bueno aclarar las cosas ya que a veces los clientes no entienden que tu les vendes una herramienta lista para usar y no el know how de tu empresa, experiencia y esfuerzo de años de trabajos.
http://www.zend.com/products/zend_guard