supongo que todo ese código del "<select>" HTML irá en un formulario HTML?
Bueno ... en cualquier caso ya te dí la respuesta antes. En el "value" de tu "option" pasas el dato que realmente va a pasar a tu script de proceso en el formuario HTML que usas.
Código PHP:
<option value="<?echo $row["id_empresas"]?>"<?if($row["nombre"]=="valor"){?>selected="selected"<?}?>><?=$row["nombre"]?></option>;
No sé si será correcto .. me confundí con todo en una linea .. pero esa es la filosofía. Así pasarás el ID (tu veras el nombre en el select) que selecciones Y sólo uno (o quieres seleccionar varios?).
Un saludo,