mmmm un sistema de usuarios, se maneja con bases de datos, y registros, etc.
Bien, si ya tienes eso, mediante cookies seria asi:
Código PHP:
if($_COOKIE['nombre'] == '') ´{
header("Location: index.php");
}
ahi estarías bloqueando el acceso, si no tiene la cookie. Haces el include del archivo en tus secciones que quieras bloquear.
saludos.